Lorsqu’il est saisi d’un recours relatif à une autorisation environnementale, le juge administratif est juge de pleine juridiction (L. 181-17 du code de l’environnement) et dispose donc de plusieurs outils pour trancher le litige qui lui est présenté.
Outre la capacité d’annuler un acte dans sa totalité, le juge du contentieux de l’autorisation environnementale peut également, en vertu de l’article L. 181-18, I du code de l’environnement, n’annuler que la phase de l’instruction ou la partie de l’autorisation qui sont illégales et enjoindre l’administration à reprendre l’instruction à la phase ou sur la partie qui a été annulée. Par exception au principe traditionnel de l’économie de moyens, l’usage de ce pouvoir est subordonné au rejet préalable de tous les autres moyens présentés dans la requête. Ce même article permet au juge, sous la même condition de rejet des autres moyens, de prononcer un sursis à statuer si le vice entraînant l’illégalité de l’acte peut être régularisé. En vertu du II de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, le juge de l’autorisation environnementale peut également décider de suspendre l’exécution des parties non-viciées de l’autorisation s’il a prononcé une annulation partielle ou un sursis à statuer.
En toute hypothèse, le juge administratif continue d’appliquer le principe, tiré d’un arrêt n° 323257 du Conseil d’État du 14 octobre 2011, selon lequel :
« les inexactitudes, omissions ou insuffisances d’une étude d’impact ne sont susceptibles de vicier la procédure, et donc d'entraîner l'illégalité de la décision prise au vu de cette étude, que si elles ont pu avoir pour effet de nuire à l'information complète de la population ou si elles ont été de nature à exercer une influence sur la décision de l'autorité administrative ».
Il résulte de l’ensemble de ces éléments que le juge de l’autorisation environnementale peut annuler totalement ou partiellement une autorisation, mais aussi surseoir à statuer en attendant la régularisation du vice identifié, enjoindre l’administration à reprendre l’instruction ou encore suspendre la décision.
En outre, en vertu de ses pouvoirs classiques de pleine juridiction, le juge peut, comme cela a été consacré dans l’arrêt Association Nonant environnement du 29 mai 2015 du Conseil d’Etat (n° 381560), accorder lui-même l’autorisation demandée après avoir annulé un refus.
Enfin, le juge de l'autorisation environnementale dispose aussi des outils juridictionnels plus classiques tels que la possibilité de suspendre une décision lorsqu’il est jugé du référé-suspension, surseoir à statuer pour transmettre une question prioritaire de constitutionnalité (QPC) ou procéder à un renvoi préjudiciel, ou rejeter la requête.